Paddingtonnal mindig történik valami. Pedig boldogan és elégedetten él Londonban a Brown család padlásszobájában, ám kap egy levelet, és minden a fejére áll. A levél Peruból érkezik, és arról értesíti a kis medvét, hogy eltűnt imádott nagynénje, aki egy Nyugdíjas Medvék Otthonában éldegélt, és bingózással töltötte öreg napjait. Paddington nem habozik, és azonnal Peruba indul, hogy felkutassa Lucy nénit. A Brown család habozik, de azért vele megy. Kalandos, veszélyes és fordulatos útjuk során átvágnak a dzsungelen, hajótörést szenvednek, felkutatják Eldorádót, az elveszett aranyvárost, megküzdenek egy kóros aranylázban szenvedő kalandorral (Antonio Banderas), és végül szembesülnek egy olyan nagy titokkal, ami Paddington egész addigi életét megváltoztathatja...